審計署公佈的《環境委員會辦公室搬遷及裝修工程》衡工量值式審計報告，發現環境委員會﹙簡稱環委會﹚2005年搬遷其辦公室過於倉卒，在尚未確知何時改組成新環境保護局、人員維持24人和工作性質基本不變的情況下，從免租的7千多平方呎舊址急於租用面積增近3倍即超過2萬6千多平方呎的新辦公室，2005年至2008年4年共承擔的租金連管理費近980萬澳門元。

在審計報告中，審計署亦發現環委會選址欠慎重考慮，新辦公室不適合設置化學品儲存及實驗室，以致未能全面履行其職責。新辦公室間格缺乏標準，效益不彰，其中多功能演講廳展覽室使用率偏低，兩年半以來祇使用42天共舉辦11個活動。

審計署亦批評環委會就租賃新辦公室的行為監管粗疏；圖則設計耗時10個月、效率不足；對裝修工程監管主動性不足，沒有清晰訂定環保材料標準，導致裝修延期及裝修項目不斷更改。同時整個工程費用中包括了一項2,120,521.00澳門元的後加工程，令總費用達到15,110,728.00澳門元，比原定金額12,975,467.00澳門元增加了百分之十六。而有關的後加工程，環委會稱其亦未能掌握。整體而言，環委會對搬遷的重視程度不足，缺乏作為用家部門的主動監督。

審計署關注政府尚未制定政府辦公大樓興建、裝修及搬遷等成文規範，環委會在選址、裝修設計及物料選購等都因主觀取向而導致出現浪費公帑的風險。審計署建議，當局應從宏觀角度，就公共部門辦公室的裝修、搬遷及興建新辦公大樓等設立規範化的客觀標準，制定相關成文指引及監管機制，應從審慎及實用的原則制定符合環保建築需求的指引及適當的監管。行政當局亦應整體考慮政府辦公室的設置，在租賃及自置物業之間取得平衡，減少租賃市場價格不穩定之風險和經濟損失。

改組環委會後成立的環境保護局回應審計報告，指出對審計署的意見基本持同意的態度，亦會充分善用現有的辦公室空間，並計劃完善設於氹仔環保基建管理中心內的化驗室。